Während eines Sturmes ziehen Fischer einen bewusstlosen Mann aus dem Wasser. Dem Fremden werden noch an Bord zwei Patronen aus dem Rücken entfernt, ebenso wie ein mysteriöser Laserchip, auf dem sich der Zugangscode zu einem Schweizer Bankkonto befindet.

Als der Verunglückte aufwacht, kann er sich an nichts mehr erinnern: Seine eigene Identität ist ihm ebenso unklar wie die Frage, wie er aufs offene Meer gelangte. Der einzige Anhaltspunkt ist die Nummer des Bankkontos, und so macht er sich auf den Weg nach Zürich, um herauszufinden, was sich dahinter verbirgt.

Im Schließfach befinden sich neben einer Waffe und unzähligen Geldscheinen diverse Pässe aus verschiedenen Nationen und mit unterschiedlichen Namen – doch auf jedem ist sein Bild zu sehen. Der erste Pass, den er aufschlägt, ist ausgestellt auf den Namen Jason Bourne.

Noch in Zürich heftet sich die CIA an Bournes Fersen, und nur mit Hilfe der jungen Weltenbummlerin Marie gelingt ihm die Flucht vor den Verfolgern, deren Motive er nicht kennt. Für 20.000 Dollar fährt Marie ihn nach Paris, wo Bourne sich zuletzt aufgehalten haben muss. Doch der Geheimdienst ist den beiden auf der Spur, und so beginnt eine rasante Odyssee, während der Jason seine eigene Verstrickung in die Spionageorganisation erkennen muss.