Jason Bourne ist ein Mann ohne Heimat und ohne Vergangenheit. Er wurde von Menschen, die er nicht zu kennen scheint, zu einer perfekten Tötungsmaschine gedrillt. Bourne kann sich an nichts erinnern: Nur Bruchstücke der jüngsten Vergangenheit sind ihm in Gedächtnis geblieben. Seit er Jahre zuvor im Wasser treibend aus dem Mittelmeer gerettet wurde, ist Bourne nicht nur auf der verzweifelten Suche nach seiner Identität, sondern er will auch wissen, wer ihm das Töten beigebracht hat.

Die Titelgeschichte einer Londoner Tageszeitung scheint eine neue Spur zu ergeben. Bourne trifft sich in der britischen Hauptstadt mit Simon Ross. Der Journalist eröffnet ihm, dass das streng geheime Treadstorm-Programm des US-Geheimdienstes CIA, in dem Auftragskiller ausgebildet wurden und das Bourne augenscheinlich durchlaufen hat, nicht mehr existiert. Dafür wurde mit "Blackbriar" ein neues System geschaffen, das, perfekt getarnt vor nationalen und internationalen Einblicken, eine ganz neue Generation von Profi-Killern entstehen lässt. Als Ross während des Gesprächs erschossen wird, wird Bourne schlagartig klar: Seine ehemaligen, geheimnisvollen Auftraggeber sind ihm wieder auf den Fersen - und für diese Männer ist er nur ein Störfall, der unbedingt ausgeschaltet werden muss.

Mit den Unterlagen, die ihm Ross noch kurz vor seinem Tod übergeben hat, macht sich Bourne auf den Weg. In Nicky Parsons, einer ehemaligen Mitarbeiterin des Treadstone-Programms, findet er unverhofft eine Mitstreiterin. Bournes Selbstfindungs-Odyssee führt ihn über Paris und Madrid schließlich nach Tanger. Auf der verzweifelten Suche nach Antworten auf die Fragen, die ihn nicht ruhen lassen, überholt und überlistet er auf Schritt und Tritt die Blackbriar-Agenten, Geheimdienstmitarbeiter und ortsansässigen Polizeibehörden. Zuletzt erkennt Bourne, dass ihn seine Reise dahin führen muss, wo alles begann: nach New York City.